Una vez terminado el disco "I Brough You My Bullets, You Brough Me Your Love" empezamos con la trayectoria que tomó el grupo después del lanzamiento de este.
En 2004, My Chemical Romance firmó con Reprise Records empresa discográfica perteneciente a Warner Music. La banda empezó a trabajar en su segundo disco con un estilo más maduro pero sin perder su tan definido y único estilo que representaron en el primer disco, con la muerte como tema principal, y en este nuevo disco también la venganza, tema reflejado en el título del álbum ("Three Cheers for Sweet Revenge: Tres aplausos para una dulce venganza") y en canciones como "It's not a fashion statement, it's a fucking deathwish" o la famosa "I'm not okay (I promise)" además de en artículos y prendas de vestir de la banda. El 8 de junio de 2004 lanzaron este disco, con el que se le empezó a conocer por todo el mundo.
En este disco aparecen tres de las canciones más conocidas por el grupo "Helena", "I'm not okay (I promise)" y "The ghost of you", las tres con sus respectivos videoclips.
Este disco está dedicado a la abuela de Gerard Way y Mike Way que falleció antes de que se publicase este disco. Ella fue quien enseñó a Gerard a actuar, dibujar y cantar, por lo que de alguna forma, le debemos a ella que My Chem sea lo que es oi (ya que MCR no sería lo mismo sin Gerard, claramente). De hecho, la primera canción del álbum, "Helena", está dedicada a ella, Elena Lee Rush.
Como he mencionado antes, la muerte sigue estando presente en casi todas, por no decir todas, las canciones del disco, al igual que en el primero. Esto se refleja en canciones como "To the end" o "The Ghost of you" que se desarrollan en escenarios lúgubres, o en canciones como "Thank you for the venom" y "Cemetery drive" en las que de alguna manera, propone el suicidio como alternativa a una vida de miseria.
Durante este tiempo el grupo sustituyó a Matt Pelissier por Bob Ryar en la batería. Al parecer, Matt no estaba haciendo bien su trabajo como batería lo que le llevó a discutir varias veces con Ray Toro, guitarrista de la banda, y otras fuentes dicen que se le acusa de quemar la furgoneta de la banda. Bob fue presentado en un concierto en Japón en 2004.
A comienzos del 2004 MCR se unió al Taste of Chaos tour y actuó como telonero de Green Day en su tour American Idiot. El grupo tocó junto a The Used, uno de los grupos que tomaron como modelo, una canción de Queen, "Under Pressure" en un acto para recoger fondos con el fin de ayudar a las víctimas del tsunami que arrasó India, Malasia, Tailandia e Indonesia. Esta canción apareció como bonus track en el disco "In love and Death" de The Used, publicado en septiembre de 2004.
En 2005 actuaron en el Warped Tour de ese año, junto a Fall Out Boys durante dos meses y más tarde tuvieron su primera gira propia, alrededor de Estados Unidos.
En el 2006 apareció una biografía titulada "Something incredible this way comes" escrita por Paul Stenning y que trata sobre el éxito obtenido por la banda tras su segundo y tercer disco.
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